Der Wahlunterricht an der Kopernikusschule wird in der Klasse 9 und 10 angeboten. Er bietet den Schülerinnen und Schülern die Möglichkeit zur individuellen Schwerpunktsetzung in den Bereichen Moderne Fremdsprachen, Mathematik und Naturwissenschaften, Kulturelle Praxis und Gesellschaftliche Prozesse.
Zur Zeit werden im Wahlunterricht folgende Kurse unterrichtet: Einführung in die Italienische Sprache, Bilingualer Unterricht Erdkunde (Englisch), Bilingualer Unterricht Geschichte und Erdkunde (Französisch), Astronomie, Einführung in die Informatik, NatWi: in Jahrgang 9: Chemie im Alltag, in Jahrgang 10 Ökologie, Darstellendes Spiel, Aktuelle Entwicklungen in Innen- und Außenpolitik.